Aux heures réglées, FTP 4 Webmaster se connecte à un serveur Web, télécharge un fichier journal ou n'importe quel autre fichier (le décompresse s'il est compressé au format Gz), supprime le fichier de serveur (optionnel), puis invoque une commande sur le fichier téléchargé. Vous avez la possibilité de paramétrer le programme horaire à une fois par jour, par semaine ou par mois pour chaque domaine ou serveur Web. En un seul clic FTP 4 Webmaster synchronise votre site Web local avec le serveur Web, il ne charge que les fichiers nouveaux ou modifiés, il efface les fichiers supprimés sur votre copie locale. Les visiteurs de votre site Web voient l'ancienne version d'un fichier en cours de téléchargement jusqu'à ce que celui-ci soit complètement chargé. Vous pouvez seulement confiner la synchronisation de certains fichiers et répertoires en particulier. De ce fait les feuilles de style, les images et les scripts ne sont pas chargés. Si vous voulez avoir un historique de la façon dont votre site évolue, le programme crée une archive Zip de tous les fichiers sur votre site Web local après chaque téléchargement. Pour des raisons de sécurité, FTP 4 Webmaster crypte vos paramètres FTP en utilisant l'algorithme de cryptage Blowfish. Il utilise des clés de cryptage spécifiques, donc un crack générique est impossible.