Dans Red Faction, vous assumez le rôle de Parker, un ouvrier travaillant dans les mines de Ultor Corporation sous la surface de Mars. Les mineurs souffrent des conditions de vies inhumaines et une maladie étrange et mortelle appelée la peste balaie soudainement leurs rangs. La colère et le ressentiment des mineurs est prêt à jaillir, et vous faites l'étincelle qui démarre une rébellion contre Ultor. Restez vivant assez longtemps pour réduire Ultor et pour résoudre le mystère de la peste. Ce voyage vous porte des mines souterraines graveleuses aux laboratoires primitifs de la science et du nanotech d'Ultor à la surface de Mars, et même sur des satellites en orbite haute au-dessus de la planète.